Las presiones humanas cada vez afectan más a los ecosistemas de agua dulce, sobre todo en climas áridos. El método principal para monitorear la calidad ambiental de estos ecosistemas es la bioindicación, pero los protocolos existentes son laboriosos, poco precisos y no adecuados para masas de agua lénticas tales como los lagos, lagunas, charcas, humedales y pantanos.

Por lo tanto, el citado proyecto explora indicadores biológicos nuevos, como las Arcellinida. Éstas son amebas tecadas comunes en masas de agua continentales que responden rápidamente a las perturbaciones ambientales.

¿En qué consiste el proyecto?

El objetivo del proyecto es desarrollar un protocolo innovador basado en ‘metabarcoding’ de Arcellinida. Consiste en inferir la composición de las comunidades ambientales secuenciando un amplicón de PCR (fragmento de ADN amplificado por la reacción en cadena de la polimerasa) de un marcador de ADN adecuado, a obtener a partir de ADN ambiental extraído de una muestra de la zona de estudio para monitorizar la calidad del agua en sistemas lénticos. Utilizamos métodos de análisis de datos basados en ‘machine learning’ supervisado para evaluar la calidad ambiental de estos ecosistemas en España.

Más de 200 muestreos

La primera fase del proyecto (muestreo y ampliación de la base de datos genética de Arcellinida) ya ha terminado. Eurofins Cavendish ha muestreado un total de 106 masas de agua (72 embalses, 69 lagunas y 58 grandes ejes de ríos) situadas en las cuencas mediterráneas de Andalucía, la cuenca del Guadalquivir y la cuenca del Guadiana, en la campaña de verano.

En la campaña de invierno Eurofins Cavendish muestreó un total de 138 masas de agua (72 embalses, 69 lagunas y 58 grandes ejes de ríos) situadas en las cuencas mediterráneas de Andalucía, la cuenca del Guadalquivir, la cuenca del Guadiana y la cuenca del Segura. El equipo tomó datos fisicoquímicos del agua y sedimentos de diferentes ambientes susceptibles de contener los organismos de estudio. Posteriormente los aisló de forma individual bajo microscopio óptico. Eurofins Cavendish trabajó en la extracción de ADN y en la secuenciación con primeros específicos para obtener la secuencia de ADN del organismo aislado.

Este proyecto marca un hito importante en el campo de la evaluación de la calidad del agua en ecosistemas lénticos. Combinar la experiencia de Eurofins Cavendish con la sensibilidad biológica de las Arcellinida y las técnicas de «metabarcoding». El objetivo es lograr una gestión y conservación más efectivas de los recursos hídricos, lo que contribuye a la protección de nuestros valiosos ecosistemas acuáticos.

La entrada Eurofins Cavendish desarrolla un novedoso índice biológico de calidad de aguas basado en Arcellinida se publicó primero en Eurofins Environment Testing Spain.