El proyecto ERAGUA se estructura en torno a tres grandes áreas de actuación: la validación de técnicas analíticas a escala de laboratorio para la detección de parámetros microbiológicos y contaminantes emergentes; el estudio de la presencia y eliminación de estos parámetros en aguas regeneradas tratadas mediante distintos procesos secundarios, terciarios y cuaternarios en EDAR reales; y el diseño e implementación de herramientas tecnológicas de vigilancia, incluyendo un biosensor para detección de protozoos, un sensor fotónico para detección de CE y una plataforma digital con capacidades geoespaciales.​​